Софья была шокирована по-настоящему. Она, знавшая графа столько лет, вдруг узнала о нем такое, чего и предположить не могла. Но любви это новое знание, однако, не убавило, и в сентябре 1862 года Софья и Лев обвенчались.

Софья была девушкой благовоспитанной и целомудренной, и первая брачная ночь шокировала ее не меньше, чем дневники графа. Она вела тайный дневник, в котором после первой брачной ночи сохранилась запись о том, что Льву Николаевичу крайне важна телесная сторона любви и плотские утехи, а она, напротив, жаждет больше близости духовной. Эти же разногласия стали удивлением и для Льва Николаевича. Он также описал первую совместную ночь с супругой не в самых радужных красках, высказывая гипотезу, что та, на ком он женился, на самом деле «не она». Ссоры между ними начались уже в первые месяцы жизни, и, хотя мирились они очень быстро, неприятный след в душе каждого оставался.

После переезда в Ясную Поляну, Софья начала наводить порядки в холостяцком быту супруга. Когда хлопоты по организации домашнего уюта были завершены, Софья заскучала, но Лев Николаевич нашел ей занятия, заняв жену тем, что она начала следить за подворьем. Она внимательно следила за удоями и за технологией производства сметаны и масла, считала продукцию и приглядывала за коровами. Этот труд категорически не устраивал Софью, но проблема вскоре разрешилась сама собой. Лев Толстой начал работу над «Войной и миром», а супруга переписывала ежедневно роман набело.

Первенца, родившегося у Толстых, назвали Сергеем. Софья не смогла кормить его грудью из-за сильнейших болей, но Лев Николаевич не хотел понимать жену, и был по-настоящему взбешен, когда ребенку пригласили кормилицу. Он считал, что жена притворяется и жалуется на боль лишь для того, чтобы ее пожалели.

Однако ссоры в семье графа Толстого постепенно закончились, и они зажили, наконец, мирно. Бог послал им 12 человек детей, четверо из которых погибли еще в раннем детстве.